Новий штам SARS-CoV-2 в Південній Каліфорнії

Актуальність

Згідно з даними, опублікованими в «Journal of the American Medical Association» (Журнал Американської медичної асоціації), новий штам SARS-CoV-2, повторно ідентифікований у Південній Каліфорнії в лютому 2021 р., швидко розповсюджується країною і світом. Раніше повідомлялося, що штам, відомий як CAL.20C, вперше виявлений випадково в червні 2020 р. в окрузі Лос-Анджелес, США. У подальшому ідентичний варіант було повторно зафіксовано в жовтні 2020 р. в Південній Каліфорнії, після чого спостерігалося його швидке розповсюдження протягом листопада та грудня 2020 р., що відповідало регіональному сплеску захворюваності під час зимових свят [3].

За висновками дослідників відділення патології та лабораторної медицини Медичного центру Седарс-Синай (Cedars-Sinai Medical Center), США, нині кількість захворювань становить більше половини підтверджених випадків COVID-19 у Південній Каліфорнії — майже вдвічі більше, ніж у цьому регіоні місяць тому. Як повідомляють фахівці Медичного центру Седарс-Синай, штам CAL.20C швидко розповсюджується не лише серед місцевого населення, але також, за загальними оцінками, у 19 штатах США, у Вашингтоні, окрузі Колумбія та у 6 зарубіжних країнах. За словами оглядачів епідеміологічної ситуації, саме мандрівники з Південної Каліфорнії переносять CAL.20C не лише в інші штати, але й в інші країни світу.

Міжнародний аеропорт Лос-Анджелеса тривалий час залишався одним із найбільш завантажених центрів переміщень у США, займаючи 2-ге місце серед пасажирів, які здійснили посадку в 2019 р., за даними Міністерства транспорту США. Незважаючи на те що минулого року під час пандемії повітряне сполучення через США різко скоротилося, близько 2 млн пасажирів внутрішніх та міжнародних рейсів, як і раніше, мандрували через Лос-Анджелес у листопаді та грудні 2020 р. Цей аеропорт є основним шлюзом США для ряду зарубіжних напрямів, включаючи Австралію та Нову Зеландію, в яких нині спостерігається швидке поширення штаму CAL.20C. Водночас декілька західних штатів із помітно напруженою епідеміологічною ситуацією, зокрема Аризона, Невада і Нью-Мексико, є найбільш популярними напрямами відпочинку вихідців із Південної Каліфорнії. Понині залишається невідомим, чи є штам CAL.20C більш небезпечним, порівняно з раніше виявленими варіантами SARS-CoV-2, а також, чи є цей штам стійким до наявних вакцин [1].

Новий штам: особливості

За висновками дослідників, CAL.20C визначається п’ятьма повторюваними варіаціями SARS-CoV-2, включаючи варіант L452R, про який раніше повідомляв Департамент громадського здоров’я Каліфорнії (California Department of Public Health), США. Новий штам має певні відмінності від інших вірусних штамів SARS-CoV-2, зафіксованих у країні, включаючи варіант B.1.1.7 (Велика Британія) та B.1.351 (Південна Африка). У своїй роботі дослідники Медичного центру Седарс-Синай зазначають, що нові морфологічні характеристики не завжди мають суттєвий вплив на характер поведінки вірусу в макроорганізмі. Особливостями штаму CAL.20C є те, що три з п’яти його варіантів мають так званий спайковий протеїн, який зумовлює дисемінацію SARS-CoV-2, вторгнення та інфікування здорових клітин. Зокрема, мутація S-протеїну L452R виявлена в межах відомого рецепторзв’язувального домену, який, за отриманими даними, є стійким відносно моноклональних антитіл до спайк-протеїну [2].

Автори роботи наголосили на тому, що результати проведеного дослідження обмежені оцінкою бази даних загальновідомих геномів та відносно невеликим набором місцевих зразків. Крім того, оскільки клінічні наслідки все ще недостатньо зрозумілі, функціональне значення нового штаму (вірулентність, тяжкість перебігу захворювання) залишається невизначеним. Ідентифікація нового штаму є важливою для глобального досвіду спостереження за еволюцією SARS-CoV-2.

Незважаючи на те що останнім часом темп інфікування новим варіантом SARS-CoV-2 дещо уповільнився, на території округу Лос-Анджелес зафіксовано більше 1 млн випадків COVID-19 та більше 18 тис. смертей від початку пандемії. Нині дослідники продовжують відстежувати поширення CAL.20C, використовуючи для аналізу вірусного геному методи секвенування наступних поколінь. Їх дослідження зосереджено на оцінці зразків, отриманих від пацієнтів Медичного центру Седарс-Синай із позитивним результатом тесту на визначення SARS-CoV-2. Крім того, триває аналіз випадкових зразків вірусу SARS-CoV-2 загальнодоступних баз даних.

Список використаної літератури

1. Lauring A.S., Hodcroft E.B.  (2021) Genetic variants of SARS-CoV-2 — what do they mean? JAMA, Jan. 6. doi:10.1001/jama.2020.27124.
2. Zhang W., Davis B.D., Chen S.S. et al. (2021) Emergence of a novel SARS-CoV-2 variant in Southern California. JAMA, Feb.11. doi:10.1001/jama.2021.1612.
3. Zhang W., Govindavari J.P., Davis  B.D. et al. (2020) Analysis of genomic characteristics and transmission routes of patients with confirmed SARS-CoV-2 in Southern California during the early stage of the US COVID-19 pandemic. JAMA Netw. Open, Oct. 7. doi:10.1001/jamanetworkopen.2020.24191.

Н.О. Савельєва-Кулик,
Редакція журналу «Український медичний часопис»