Доки вчені намагаються дізнатися більше про коронавірус SARS-CoV-2, у нещодавніх дослідженнях отримано суперечливі висновки, а саме: 1) змії є проміжними хазяїнами нового вірусу; 2) ключовий білок коронавірусу має «дивну схожість» із білком ВІЛ-1. Результати дослідження, опубліковані у ACS Journal of Proteome Research спростовують обидві вищенаведені ідеї та припускають, що лускаті, схожі на мурахоїдів тварини (панголіни), є невизначеною проміжною ланкою для передачі SARS-CoV-2 між кажанами та людьми.
Розуміння того, звідки з’явився SARS-CoV-2-вірус, що спричинив пандемію COVID-19 та шляхи його розповсюдження, — важливе для контролю і лікування вірусних хвороб. Нещодавнє дослідження, в якому аналізувався геном нового вірусу, запропонувало розглядати змій як проміжних хазяїв, незважаючи на той факт, що коронавіруси інфікують тільки ссавців та птахів. У дослідженні порівнювалася послідовність розташування шипоподібних структурних білків (ключових білків, відповідальних за проникнення вірусу до клітин ссавців) та розміщення білків ВІЛ-1. І хоча автори зняли свій рукопис з друку після хвилі наукової критики, це породило велику кількість чуток та конспірологічних теорій щодо лабораторного розроблення вірусу.
Ченсинь Чжан, дослідник з кафедри обчислювальної медицини та біоінформатики Мічіганського університету, та його колеги надали результати повного аналізу РНК SARS-CoV-2 та його білків для розвіювання домислів.
Слід зазначити, що внаслідок нестачі експериментальних та клінічних даних, а також недостатнього розуміння інфекційності смертельних коронавірусів, вчені все більше покладаються на комп’ютерний аналіз для вивчення вірусу 2019-nCoV, структур білків, функцій, філогенії та взаємодій на рівнях молекул та організму. Дійсно, вже у січні 2020 р. були опубліковані численні аналізи, отримані за допомогою біоінформатики щодо 2019-nCoV; однак необхідно уникати надмірної інтерпретації результатів за відсутності контрольних показників або подальших експериментальних перевірок.
Зокрема, вчені виявили, що унікальна послідовність «вставок» (чотирьох участків шипоподібних білків), про яку згадувалось у роботі Pradhan та співавторів, характерна для більшості вірусів, особливо для коронавірусу кажанів RaTG13, що свідчить про тісний еволюційний зв’язок до вищезазначеного виду. Команда дослідників провела пошук послідовності РНК та білків, отриманих із тканин панголінів, щодо подібності із SARS-CoV-2. Вони ідентифікували послідовність білків у легенях хворих тварин, яка виявилася на 91% ідентичною білкам вірусу людини. Крім того, рецепторзв’язувальний домен шипоподібного білка коронавірусу панголіна мав тільки 5 амінокислотних відмінностей від SARS-CoV-2 у порівнянні із 19 відмінностями між вірусними білками людей та кажанів. Такі дані вказують на те, що саме панголін є найбільш вірогідним проміжним хазяїном нового коронавірусу, але можливі й додаткові проміжні хазяїни.
- Zhang C., Zheng W., Huang X. et al. (2020) Protein Structure and Sequence Reanalysis of 2019-nCoV Genome Refutes Snakes as Its Intermediate Host and the Unique Similarity between Its Spike Protein Insertions and HIV-1
(https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.0c00129).
Катерина Приходько-Дибська
